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平成１８年度においては、「中期防衛力整備計画（平成１７年度〜平成２１年度）」の２年度目として、新たな脅威や多様な事態への対応、国際平和協力活動への取組等を重視し、国民の安心、安全の確保、国際的な安全保障環境の一層の安定化に努める。
１ 新たな脅威や多様な事態等への実効的対応関連
弾道ミサイル攻撃に対応し得る能力の確保に係る事業を引き続き推進するとともに、将来的な能力向上のための開発事業に着手する。
また、ゲリラや特殊部隊による攻撃等への対応、周辺海域における潜水艦及び武装工作船への対応、大規模・特殊災害等への対応、国民保護に係る体制の整備など新たな脅威や多様な事態に実効的に対応し得る防衛力を、本格的な侵略事態への備えにも留意しつつ、効率的に整備する。
２ 防衛庁の組織改編・長官の補佐体制の充実
新たな安全保障環境に十分に対応し得る体制を整備するとともに、防衛庁長官の補佐体制の充実・強化を図るため、防衛参事官制度を実効的に機能させるとともに内部部局や地方組織等の改編を行う。また、装備品のライフサイクルを見据えた取得を実施し得る体制への改革を推進するため、内部部局（原価計算部）、技術研究本部及び契約本部にわたる改編を実施する。
３ 我が国を含む国際社会の平和と安定のための取組
国際平和協力活動を、継続的かつ効率的に実施し得るよう、教育訓練体制等の充実を図る。また、諸外国との安全保障対話・防衛交流、共同訓練等を推進する。
４ 統合運用態勢の充実
新たな脅威や多様な事態に実効的に対応し得るよう、統合訓練や通信基盤の整備などにより、統合運用態勢の充実を図る。
５ より高度な情報体制・情報通信態勢の構築
各種事態の兆候を早期に察知し、迅速・的確な情報収集・分析・共有等を行うため、情報部門の体制の充実を図る。また、統合運用や国際平和協力活動の円滑な遂行等に資するよう、高度な指揮通信システムや情報通信ネットワークを整備する。
６ 軍事科学技術の進展への対応
軍事科学技術の動向等を踏まえ、重点的な資源配分を行いつつ、効果的かつ効率的な研究開発の実施に努める。
７ 人事施策、教育・部隊訓練の充実
統合運用の強化、自衛隊の任務の多様化・国際化、装備品の高度化等に対応し得るよう、人事教育・訓練施策を幅広く推進するとともに、高い士気及び厳正な規律を保持した質の高い要員及び部隊等を確保・育成するための各種施策を推進する。
８ 基地対策等の推進
防衛施設とその周辺地域との一層の調和を図るため、引き続き、基地周辺対策を推進する。また、在日米軍の駐留を円滑かつ効果的にするための施策を推進する。
９ その他の主要事項
装備品などの総合取得改革を推進するとともに、自衛隊の駐屯地等における環境対策の徹底等及び航空機の安全対策の推進を図る。
また、昨今の医官の充足状況等を勘案し、質の高い医官及び国民の安全・安心に資する衛生態勢を確保するための施策を推進する。
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